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Literature note integration in obsidian and paperpile

Jul 02, 20225 min read

現在（2022-06-24），ノートやメモはObsidianで取っていて，文献管理はPaperpileで行っている．そうした場合，文献を読んだときに軽くメモしておいて，それを見たら「あぁ，あの論文ね」と内容をある程度思い出せるようにし，あるトピックについて「何年に誰がどうして，あのひとはこう言っている」というようなまとめノートを作るのにどうするかについて書いておく．

仕組み（少し複雑？）

  1. Paperpile側で「Workflows and integrations」という仕組みがあるので，その中の「BibTeX Export」というサービスを使う．そうすると，（おそらく）ライブラリがアップデートされるたびに文献ライブラリすべてをGoogle Drive上にBibTeXファイルとして保存してくれる．
  2. Obsidian側で「Citations」というプラグインの「Open literature note」だとか「Insert literature note link」だとかのコマンドを実行すると，上記ライブラリから検索できるようになり，選択された文献のためのノートが作成される．
  3. そのノートにメモを取る．
  4. あとはObsidian内でそのノートを他のノートから参照でき，他のノート内に埋め込むこともできるようになる．何かのトピックについてのノートを作り，関連する文献ノートを埋め込んでいけば良い（論文イントロの一つのパラグラフが完成する）．

詳細設定

Paperpileでの準備

  1. Paperpileのページ右上の歯車ボタンで設定のプルダウンを開き，「Workflows and integrations」を開く．
  2. 「BibTeX Export」を「+Add」する．
  3. Sourceを「My Library」とし，Destinationを「Google Drive」とする．
  4. 自分の環境では，Google Driveに「paperpile.bib」が作られる．

Obsidianでの設定

  1. 「Citations」と「Templater」というプラグインをInstall & Enableする．
  2. Citationsプラグインの設定
    1. Citation database format を「BibTeX」とする．
    2. Citation database path を「/Users/Kobayashi/My Google Drive/paperpile.bib」とした．
    3. Literature note folder を「_ref_notes」とした．つまり _ref_notes/ 以下に文献ノートが保存されることになる．
    4. Literature note content template を以下のように書く． 
      ---
title: {{title}}
authors: {{authorString}}
journal: {{containerTitle}}
year: {{year}}
tags: paper
---
 
# {{title}}
 
### <% `${tp.user.authorShort("{{authorString}}")}, (${"{{year}}"}) ${"{{containerTitle}}"}` %>
      キモは，デフォルトと異なり，タイトルの下に「第一著者 et al., (年) 雑誌名」という ### のエントリーを作っておく．ここを別ノートから参照する形にする． この部分で Templater プラグインを使っているのでそちらの設定も行う1．
  3. Templaterプラグインの設定
    1. Templater folder location を「_templates/」とする．同名フォルダを作成する．
    2. Triger Templater on new file creation を Enable する．
    3. User Script Function の Script file location を「_templates/user_js_func/」とする．同名フォルダを作成する．
    4. 次の内容の authorShort.js を上記 user_js_func/ 内に作成する． 
      function authorShort(authorString) {
  const authors = authorString.split(", ");
  let abbrAuthorString = ""
  if (authors.length == 1) {
      const parts = authors[0].split(" ")
      abbrAuthorString = parts[parts.length-1];
  }
  else if (authors.length == 2) {
      let surnames = [];
      authors.forEach(author => {
        const parts = author.split(" ");
        surnames.push(parts[parts.length-1]);
      })
      abbrAuthorString = `${surnames[0]} and ${surnames[1]}`;
  } else {
      const first = authors[0].split(" ")
      const surname = first[first.length - 1];
      abbrAuthorString = `${surname} et al.`;
  }
  return abbrAuthorString
}
module.exports = authorShort;
    5. 次の内容の authorLong.js を上記 user_js_func/ 内に作成する． 
      function authorLong(authorString) {
  const authors = authorString.split(", ");
  let fullAuthorList = [];
  authors.forEach(author => {
      const parts = author.split(" ");
      let str = [];
      str.push(parts[parts.length-1]);
      const name_parts = parts.slice(0, parts.length-1);
      name_parts.forEach(name => {
        str.push(", ");
        str.push(`${name[0]}.`);
      });
      fullAuthorList.push(str.join(""))
  });
  return fullAuthorList.join(", ")
}
module.exports = authorLong;

Obsidianで文献ノートを作成する

「⌘+P」でコマンドパレットを呼び出し「citation」とタイプするとCitationsプラグインのコマンドがいくつか表示されるので，「Open literature note」とし，何か文献を検索してノートを作成したさいに，ノートが _ref_notes/ 内にファイルが作成され，その中身が，タイトルの下に「著者，(年) 雑誌名」となっていれば成功．

Obsidianでメモを埋め込む

上記文献ノートは _ref_notes/@hoge2022-a のようなファイルとなっているので，別のノートで，

![[@hoge2022-a#hoge-et-al-2022-j-fuga|Hoge et al., (2022) J. Fuga]]

のように「!」をつけ，ノート内のタイトルをリンクすれば，そのメモ内容が埋め込まれた形で表示されるようになる．

Footnotes

  1. https://github.com/hans/obsidian-citation-plugin/issues/53 ↩

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