Mayavi は3Dでのデータ可視化を支援するライブラリ. これを Jupyter notebook で使えるようにするまでのメモ(macOS High Sierra).
References
Mayavi のインストール
Mayavi自体は以下のようにして pip
でインストールすることができる.
$ pip install mayavi
しかし,この Mayavi を jupyter notebook で動作させるためには,Qt という表示用ライブラリを Python がら利用するための PyQt なるものが必要みたいで,それのインストールは pip からは行うことができなかった. そのため,Homebrew を用いて,
$ brew install qt
$ brew install pyqt
として,Qt および PyQt をインストールした. インストール後は,
$ export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/usr/local/Cellar/pyqt
とするか,~/.bashrc
もしくは ~/.bash_profile
に上記を書きこんでそれを反映させるかして,python が PyQt を使えるようにする.
Ref. [2] に従い,
$ jupyter nbextension install --py mayavi --user
というおまじないもやっておく.
Github版Mayaviのインストール
pip からは安定版(?)が得られるが,どうもpip版は最新の VTK (8.1.0) との相性が良くないらしく,エラーで何も表示されないことがあったので,それが解消されているGithub版をインストールする方法を載せておく.
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GithubからZIPファイルをダウンロードしてきて展開.
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mayavi-master/
内ディレクトリにて,:::bash $ python setup.py build $ python setup.py install or $ python setup.py install --prefix=~/local/
--prefix
オプションを指定した場合はそれ以下にmayavi
とtvtk
がインストールされる.build
を行わないと TVTK が正常に動作しないので注意.
Jupyter notebook での使用
とすることで,notebook 上で Mayavi が使えるようになり,
で,3D表示がされれば成功.
Issues
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jupyter notebook では成功したが,jupyter lab では表示されなかった.
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init_notebook()
のところで,最初,An exception has occurred, use %tb to see the full traceback. SystemExit: This program needs access to the screen. Please run with a Framework build of python, and only when you are logged in on the main display of your Mac.
のようなエラー出力が表示されるが,もう一度実行すると,
Notebook initialized with x3d backend.
のようになり,問題なくなる…