MD中の特定イオンの存在確率密度（probability density）をgaussian cubeファイルに出力する．
in.pmdの設定
flag_pdens T
spcs_pdens Li
ndiv_pdens 42 42 105
flag_pdens：prob. density を計算するフラグ．spcs_pdens：計算するイオン種の指定ndiv_pdens：計算する空間のa,b,cベクトルの分割数．一般にはシミュレーションセルのベクトルだが，一応セル中の内部を限定することも可能．大きな系の中の一部分を見たいときに使う．orig_pdens：一部分を見たい場合の部分空間の原点．hmat_pdens：一部分のセルベクトル．
解析方法
out.pdens.Li.cube というような名前のgaussian cubeフォーマットファイルが出力されるので，それをOvitoで開き，create isosurface をすると可視化することができる．
平滑化（smoothing, smearing）
isosurfaceがガタついている場合に，gaussian smearingを行うことで滑らかな曲面にすることができる．nappyを使った例を下記に示す．
import nappy
nsys = nappy.io.read('out.pdens.Li.cube')
vdata = nsys.voldata.reshape(nsys.nvoldiv, order='C')
from scipy.ndimage import gaussian_filter
vdata2 = gaussian_filter(vdata, sigma=[1,1,1], mode='wrap')
nsys.voldata = vdata2.reshape(nsys.voldata.shape, order='C')
nappy.io.write(nsys, fname='out.pdens.Li.smooth.cube')