dataset/ ディレクトリと in.fitpot ファイルが存在するディレクトリで，fitpot プログラムを以下のように実行できる．
$ ~/src/nap/fitpot/fitpot > out.fitpot 2>&1 | tee out.fitpotまた，並列モードで実行したい場合は，以下のように mpirun を使用する．
$ mpirun -np 10 ~/src/nap/fitpot/fitpot > out.fitpot 2>&1 | tee out.fitpot実行後，いくつかの出力ファイルが生成される．
out.erg.trn.fin，out.erg.tst.fin— これらのファイルには，エネルギーの参照データとFF予測のデータが含まれている．フィッティングが適切に行われたかを確認するために，以下のようにgnuplotを使用してデータをプロットできる．$ gnuplot gnuplot> plot 'out.erg.trn.fin' us 1:2 w p t 'training set' gnuplot> rep 'out.erg.tst.fin' us 1:2 w p t 'test set'out.frc.trn.fin，out.frc.tst.fin— これらのファイルには，力の参照データとFF予測データが含まれている．out.strs.trn.fin，out.strs.tst.fin— 応力の参照データとFF予測データが含まれている．