動径分布関数(radial distribution function; RDF)と角度分布関数(angular distribution function; ADF)の計算およびプロットについて.
RDF
次のコマンドでRDFを取得できる.
python ~/src/nap/nappy/rdf.py --fortran -d 0.05 --gsmear=1 --skip=50 --specorder=Si,O traj.extxyz
上の例では,Si-Oの系であり,元素の順番を指定している.traj.extxyz
内に複数の構造データ(MD trajectoryなど)が入っていれば,その平均としてのRDFが出力される.
-h
をつけて実行すればオプションを見ることができる.
Options:
-h, --help Show this help message and exit.
--format FORMAT
Input file format. [default: extxyz]
-d DR Width of the bin. [default: 0.1]
-r,--rmax RMAX
Cutoff radius of radial distribution. [default: 5.0]
--rmin RMIN
Minimum radius to be considered. [default: 0.0]
--gsmear=SIGMA
Width of Gaussian smearing, zero means no smearing. [default: 0]
--nnmax=NNMAX
Max num of neighbors when counting neighbors. [default: 100]
-o OUT Name of file to be written in addition to out.rdf if specified.
[default: None]
--specorder=SPECORDER
Order of species separated by comma, like, --specorder=W,H.
[default: None]
--out4fp Flag to write out in general fp.py format. [default: False]
--pairs PAIRS
Pairs to be extracted, available only if out4fp is specified.
hyphen-connected, comma separated, e.g.) Li-O,P-O [default: None]
--skip=NSKIP
Skip first NSKIP steps from the statistics. [default: 0]
--no-pairwise
Not to take averaging by pairwise.
--plot Plot figures. [default: False]
--SQ Calc and output S(Q) converted from RDF to out.sq
--qmax QMAX Cutoff wavenumber. [default: 20.0]
--qmin QMIN Shortest wavenumber. [default: 0.7]
--scatter-length LENGTHS
Scattering lengths of corresponding species in Angstrom.
[default: None]
--fortran Try using fortran function for computing RDF.
--progress Show progress. [default: False]
- もし
nappy/pmd/pmd_wrapper
のコンパイルがされていれば,--fortran
オプションで近接原子探索を大幅に高速化することができる. --gsmear=SIGMA
:RDFのgaussian smearingを行う.引数SIGMA
は gaussian sigma としてデータ点の何点分とするかという値.
ADF
rdf.py
とほぼ同じ形式だが,下記のように --triplets
で計算する3つの元素の組(i,j,k)を指定する.このとき, j-i-k の間の角を指定していることになる.
python ~/src/nap/nappy/adf.py --fortran --gsmear=1 --triplets=Si-O-O,O-Si-Si --skip=50 --progress traj.extxyz