エネルギーはMDにおいて基本的な物理量で，速度ダンピングも温度制御も外力も与えていないNVE-MDを行っている場合，全エネルギーは運動エネルギーとポテンシャルエネルギーの和としてほぼ一定値をとっている．このことは，MDシミュレーションの妥当性の検証のはじめの一歩である．
構造最適化を行うような場合には，最初に少し高い（であろう）運動エネルギーが０に漸近することが期待される．
温度一定のMDの場合には運動エネルギーが一定値となる．
MDの間の全エネルギー，運動エネルギー，ポテンシャルエネルギーは out.erg ファイルに書き出されるため，gnuplotを使ってエネルギーの保存性を確認することができる．
$ gnuplot
gnuplot> plot 'out.erg' us 2:3 w l t 'total', 'out.erg' us 2:4 w l t 'kinetic', 'out.erg' us 2:5 w l t 'potential'
out.erg内の値は生の値のため，運動エネルギーと全エネルギー，ポテンシャルエネルギーとは絶対値が大きく異なることが多い，そのため，初期の運動エネルギーを差し引くことでエネルギーの変化に着目することができる．
gnuplot> e0 = -9.3648308E+002
gnuplot> p 'out.erg' us 2:($3-e0) w l t 'total', '' us 2:4 w l t 'kinetic', '' us 2:($5-e0) w l t 'potential'
ここで e0 = -9.3648308E+002 が初期のポテンシャルエネルギーである．
このコードで得られるプロットが下図のようなものであり，トータルエネルギーが保存していることがわかる．
