一般に，ユーザが最初に作成した原子構造は安定であるとは限らない．そのため，本番のシミュレーションの前に構造最適化を行って，安定構造を得る必要がある．
次のようにして速度ダンピング法による構造最適化を行うことができる．
- 温度コントロールを外す（
temperature_control none） - 速度ダンピングをONにする（
flag_damping 1） - ダンピング係数を設定する（
damping_coeff 0.99← この値が毎ステップ速度に掛かる） - 収束判定条件を設定する（
converge_eps 1d-4，この場合 1.0e-4 eV）
下図のように，運動エネルギーが０に漸近する．
最終的な構造は pmdfin に書き出されるので，それを pmdini にコピーすれば，その構造から次のMDを始めることができる．