CIF(その他のフォーマット)を pmdini に変換する方法は?

まず,napsys.py を使用して任意のファイルを pmdini に変換してみてください.

napsys.py convert hoge pmdini

もし napsys.pyhoge ファイルを読み取れる場合は pmdini に変換されます. 読み取れない場合は,他のコンバータプログラムを使用してファイルを POSCAR または dump に変換し,その後 napsys.py を使用して pmdini に変換してください.


利用可能なスロット数が不足しています…

もし pmd を並列プロセスで実行した際に以下のエラーメッセージが表示される場合:

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There are not enough slots available in the system to satisfy the 4 slots
that were requested by the application:
  pmd
 
Either request fewer slots for your application, or make more slots available
for use.
--------------------------------------------------------------------------

この場合,--oversubscribe オプションを使用して利用可能なスロット数を増やしてください.

mpirun --oversubscribe -np 4 pmd

参考:


共有メモリの初期化中にシステムコールが失敗しました…

以下のエラーメッセージは,MPI プロセス数と自動的に決定された空間分割数が異なる場合に pmd の出力の最後に表示されることがあります.

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A system call failed during shared memory initialization that should
not have.  It is likely that your MPI job will now either abort or
experience performance degradation.
 
  Local host:  mbp-rk-eth.ogt.nitech.ac.jp
  System call: unlink(2) /var/folders/fh/cd90qtsj3d1fr3wmjw954xt40000gn/T//ompi.mbp-rk-eth.501/pid.52045/1/vader_segment.mbp-rk-eth.95f30001.2
  Error:       No such file or directory (errno 2)
--------------------------------------------------------------------------

しかし,pmd の計算結果は正しく出力されています. このエラーメッセージを削除するには,以下の環境変数を設定してください.

export OMPI_MCA_btl=self,tcp

参考: