CIF(その他のフォーマット)を pmdini に変換する方法は?
まず,napsys.py を使用して任意のファイルを pmdini
に変換してみてください.
napsys.py convert hoge pmdini
もし napsys.py が hoge
ファイルを読み取れる場合は pmdini
に変換されます.
読み取れない場合は,他のコンバータプログラムを使用してファイルを POSCAR
または dump
に変換し,その後 napsys.py を使用して pmdini
に変換してください.
利用可能なスロット数が不足しています…
もし pmd
を並列プロセスで実行した際に以下のエラーメッセージが表示される場合:
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There are not enough slots available in the system to satisfy the 4 slots
that were requested by the application:
pmd
Either request fewer slots for your application, or make more slots available
for use.
--------------------------------------------------------------------------
この場合,--oversubscribe
オプションを使用して利用可能なスロット数を増やしてください.
mpirun --oversubscribe -np 4 pmd
参考:
共有メモリの初期化中にシステムコールが失敗しました…
以下のエラーメッセージは,MPI プロセス数と自動的に決定された空間分割数が異なる場合に pmd
の出力の最後に表示されることがあります.
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A system call failed during shared memory initialization that should
not have. It is likely that your MPI job will now either abort or
experience performance degradation.
Local host: mbp-rk-eth.ogt.nitech.ac.jp
System call: unlink(2) /var/folders/fh/cd90qtsj3d1fr3wmjw954xt40000gn/T//ompi.mbp-rk-eth.501/pid.52045/1/vader_segment.mbp-rk-eth.95f30001.2
Error: No such file or directory (errno 2)
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しかし,pmd
の計算結果は正しく出力されています.
このエラーメッセージを削除するには,以下の環境変数を設定してください.
export OMPI_MCA_btl=self,tcp
参考: