in.pmdの説明ページで書かれているように，pmdでは構造ファイルの出力形式を指定することができる．最近は extended xyz フォーマットに複数構造を格納することで，ファイル・システム上は１つのファイルとしておくことがスマートな方法らしいので，pmdでも flag_out_pos 3 として traj.extxyz ファイルが出力されるようになる．
Ovito というメジャーな可視化ソフトで原子構造を可視化することができる．num_out_pos を１より大きな値にしておけば，ファイルに MD trajectory が格納されるため，MDの動画を見ることができる．Ovitoでは，それを mp4 形式で保存することができる．